Serviço de custódia no qual os valores mobiliários retirados podem não ser os mesmos depositados, embora sejam das mesmas espécie, qualidade e quantidade. Hoje a custódia fungível trabalha apenas com ações, no Brasil, mas é possível trabalhar com qualquer outro valor que tenha características homogêneas. Não há emissão de um certificado em papel, o que evita a necessidade de controlar certificados específicos, uma vez que os ativos têm as mesmas características (são homogêneos). Esta forma é menos burocrata, porque facilita o fluxo mais ágil dos ativos.